胃肠外科位于皋城路院区住院部4楼，是我院规范化外科治疗胃肠道疾病的专科科室，主要承担普胃肠道肿瘤及腹壁疝外科疾病的临床诊治、教学和科研工作。科室目前拥有主任医师2名，副主任医师1名，执业医师2名。其中硕士研究生1名。

目前科室常规开展普外科业务，尤其注重胃肠外科业务发展。常规开展腹腔镜结直肠肿瘤根治性手术、腹腔镜疝无张力修补术（TAPP、TEP），对急腹症、消化道穿孔小肠、肠系膜损伤、腹腔内出血、消化道良恶性肿瘤以及肠梗阻等疾病有着丰富的诊治经验。上海复旦大学附属肿瘤医院、安徽省立医院等三甲医院专家常态化来科室坐诊。